El diputado tomó distancia de la postura de la Casa Rosada y lanzó fuertes cuestionamientos contra la Iglesia luego de la polémica generada por la homilía. En sus declaraciones, marcó diferencias con algunos sectores eclesiásticos y acusó a ciertos referentes religiosos de involucrarse en debates políticos y partidarios.

El diputado nacional de La Libertad Avanza Alberto Benegas Lynch criticó con dureza al arzobispo de Buenos Aires, Jorge García Cuerva, luego de la homilía pronunciada durante el Tedeum del 25 de Mayo en la Catedral Metropolitana ante el presidente Javier Milei y miembros del gabinete nacional. A través de sus redes sociales, el legislador acusó al religioso de intervenir políticamente desde la Iglesia y vinculó sus declaraciones con sectores del peronismo. Además, calificó el mensaje como injusto frente a los resultados obtenidos por el Gobierno nacional.

Benegas Lynch también cuestionó lo que consideró una mirada negativa hacia el individualismo y la generación de riqueza, y sostuvo que ciertos discursos eclesiásticos tienden a romantizar la pobreza. Más adelante profundizó sus críticas al plantear su rechazo a la relación entre religión y Estado, al considerar que no debería existir una religión oficial sostenida con recursos públicos. En ese sentido, afirmó que ese modelo históricamente generó privilegios y desigualdades entre distintas creencias.

Durante el Tedeum, García Cuerva había advertido sobre el clima de polarización social y política en el país y llamó al diálogo y a la reconstrucción de los vínculos sociales. El arzobispo pidió frenar los discursos de odio y cuestionó las posturas individualistas que, según expresó, deterioran la fraternidad y la unidad nacional. Desde el Gobierno buscaron bajar el tono a la polémica y señalaron que la homilía tuvo un carácter conciliador, en un contexto en el que el oficialismo intenta evitar tensiones con la Iglesia ante una posible visita del Papa antes de fin de año.